Император Петр I отменил существовавший ранее институт Патриаршества, взамен был образован коллективный орган управления Русской Православной Церковью, который вначале именовался Духовной коллегией, и вскоре был преобразован в Святейший Правительствующий Синод. Указ о создании Духовной коллегии вышел 5 февраля (25 января) 1721 года, а уже 25 (14) февраля того же года новое учреждение провело свое первое заседание, ознаменовав тем самым невиданную ранее в российской истории страницу в отношениях между Церковью и государством.
Основным руководящим документом Синода стал «Духовный регламент, тщанием и повелением всепресветлейшего, державнейшего государя Петра Первого, императора и самодержца Всероссийского, по соизволению и приговору Всероссийского духовного чина и Правительствующего Сената в царствующем Санктпетербурге в лето от Рождества Христова 1721 сочиненный». Текст его был написан одним из самых влиятельных церковных иерархов того времени — архиепископом Феофаном (Прокоповичем, 1681-1736), в чьем лице император Петр I нашел искреннего помощника и соратника. Отклик Поместных Церквей представлен в сборнике «Царская и Патриаршие грамоты о учреждении Святейшего Синода: с изложением православного исповедания Восточно-Кафолической Церкви».
О том, как «Духовный регламент» постепенно входил в церковную жизнь России, рассказывает исследование Николая Кедрова «Духовный регламент в связи с преобразовательной деятельностью Петра Великого», а также двухтомное сочинение Павла Верховского «Учреждение духовной коллегии и Духовный регламент: к вопросу об отношении Церкви и государства в России: исследование в области истории русского церковного права».
История Святейшего Синода и синодальных учреждений получила широкое отражение на страницах книг, изданных в России с середины XIX столетия. Так, известный церковный историк и специалист по каноническому праву, профессор Санкт-Петербургской духовной академии Тимофей Барсов разместил в сборнике «Святейший Синод в его прошлом» свои статьи, опубликованные в разные годы на страницах научно-богословского журнала «Христианское чтение» и посвященные различным вопросам синодальной истории, в том числе о возврате к традиционной форме церковного управления — Патриаршеству.
Роли императора Петра I и его сподвижников в преобразовании церковного управления в России посвящены труды Владимира Попова «О Святейшем Синоде и об установлениях при нем в царствование Петра I (1721-1725): историко-юридическое исследование Владимира Попова», Федора Жордании «Святейший Синод при Петре Великом в его отношении к Правительствующему Сенату: историческое исследование», а также выпускное сочинение студента Киевского университета Н. Ольшевского «Святейший Правительствующий Синод при Петре Великом, его организация и деятельность: сочинение на тему, предложенную юридическим факультетом Императорского университета св. Владимира для соискания наград медалями в 1892 г.».
Центральной фигурой в новом учреждении являлся обер-прокурор, которого император Петр I назвал «оком государевым», наблюдающим от имени царя как помазанника Божия за состоянием всех церковных дел. Среди обер-прокуроров встречались выдающиеся личности, получившие прекрасное образование и отлично зарекомендовавшие себя на государственной службе. Это, в первую очередь, князь Александр Голицын (1773-1844), граф Николай Протасов (1798-1855), Константин Победоносцев (1827-1907) и многие другие. Поэтому изучение биографий обер-прокуроров стало предметом самостоятельного исследования еще задолго до революции 1917 года, когда синодальный архив был открыт только для ученых историков и архивистов, получивших одобрение на свою деятельность от высшей государственной власти. К таким научным трудам можно отнести книгу Федора Благовидова «Обер-прокуроры Святейшего Синода в XVIII и в первой половине XIX столетия: (отношения обер-прокуроров к Св. Синоду): опыт церковно-исторического исследования».
Святейший Синод издавал от имени императора указы, касающиеся вопросов не только духовной жизни, богословского образования, но и административно-хозяйственной деятельности во всех епархиях Русской Церкви. Подробнее узнать об этом позволяет сборник «Руководственные для православного духовенства указы Святейшего Правительствующего Синода: 1721-1878 г.».
Большое внимание Святейший Синод всегда уделял вопросам духовного образования. В его ведении находился Учебный комитет, которому подчинялись духовные академии, семинарии и училища, а также Училищный совет, отвечавший за организацию и деятельность церковно-приходских школ по всей Российской империи. Известный историк Русской Церкви профессор Николай Глубоковский оставил для потомков свои наблюдения о состоянии духовного образования в России «По вопросам духовной школы средней и высшей и об Учебном комитете при Святейшем Синоде». До недавнего времени эта книга считалась библиографической редкостью, теперь же она доступна всем желающим на портале Президентской библиотеки.
Постепенно деятели Синода осознавали, что синодальный архив нуждается в описании всех его дел — ради облегчения труда будущих историков Православия в России. Поэтому с середины XIX века издавалось прерванное Первой мировой войной в 1914 году «Описание документов и дел, хранящихся в архиве Святейшего Правительствующего Синода». Четвертый том этого издания, размещенный на портале Президентской библиотеки, содержит описание документов архива духовного ведомства за 1724 год, когда обер-прокурором Синода был полковник Николай Болтин, а число епархий в Русской Церкви насчитывало 22. Примечательно, что почти половину 1724 года члены Синода находились в Москве в ожидании коронации императрицы Екатерины I, совершившейся 7 мая по старому стилю.
Подлинные дела синодального архива доступны в Российском государственном историческом архиве (РГИА), а их часть оцифрована, каталогизирована и входит в состав электронных фондов Президентской библиотеки.
Президентская библиотека не только хранит эти источники в своих электронных коллекциях — документы и материалы по истории Святейшего Синода обретают новую жизнь в научных конференциях, изданиях и мультимедийной продукции. Так, по итогам состоявшейся в 2016 году всероссийской научной конференции с международным участием «Святейший Синод в истории российской государственности» был издан одноименный сборник Президентской библиотеки из серии «Электронный архив». Отдельные доклады этой конференции, в частности, выступление профессора Сергея Фирсова «Святейший Правительствующий Синод в эпоху К. П. Победоносцева», можно просмотреть и прослушать на интернет-портале учреждения.
История Святейшего Синода также нашла отражение в одноименном фильме, созданном Президентской библиотекой, которая находится в здании Синода.
Расположенной в здании Синода домовой церкви посвящена книга главного специалиста Российского государственного исторического архива Никиты Крылова «Храм святых отцов Семи Вселенских Соборов: исторический очерк», подготовленная силами издательско-полиграфического комплекса Президентской библиотеки.
Всего же на портале и в электронном читальном зале Президентской библиотеки к настоящему времени находится около 40 тысяч библиотечных и архивных материалов, так или иначе отражающих тему Святейшего Правительствующего Синода и синодальной эпохи в истории Русской Православной Церкви.